Cheick Fantamady Camara fait ses premières armes comme assistant-réalisateur sur La Genèse de Cheick Oumar Sissoko ou Macadam Tribu de Zéka Laplaine. Il signe en 1996 un documentaire consacré au Salon international d'artisanat de Ouagadougou, puis, en 2000, son premier court-métrage Konorofili qui obtient le Prix du jury au Festival panafricain du cinéma et de la télévision de Ouagadougou.
Son premier long-métrage, Il va pleuvoir sur Conakry, évoque le problème de l'Afrique déchirée entre tradition et modernité, à travers le récit d'un jeune homme amoureux, en conflit avec son père imam. Cheick Fantamady Camara reçoit à cette occasion le trophée du premier scénario de long-métrage du Centre national de la cinématographie.
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